การประกาศจัดตั้งศูนย์เทคโนโลยีชีวภาพเกษตร โดยสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์เมื่อวันที่ 29 ธันวาคม พ.ศ. 2542 เป็นการตอบรับต่อสถานการณ์ที่มีการเปลี่ยนแปลงอย่างฉับพลันในภาคเกษตรกรรมของโลก ซึ่งส่งผลกระทบโดยตรงต่อเกษตรกรรมไทยทั้งระบบ เป็นเวลาที่มีการนำวิทยาการด้านเทคโนโลยีชีวภาพ และวิทยาการในสาขานวชีวศาสตร์ไปใช้ในการผลิต บริการและวิจัยด้านพืช สัตว์ จุลินทรีย์ และการอนุรักษ์ ทำให้ประเทศผู้ใช้เทคโนโลยีใหม่สามารถเพิ่มผลิตภาพแบบก้าวกระโดด ประเทศใดที่มีความพร้อมในวิทยาการด้านนี้จะได้เปรียบ จึงเป็นความรับผิดชอบโดยตรงของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในฐานะสถาบันวิทยาการแนวหน้าในสาขาเกษตรศาสตร์ของประเทศ ที่ต้องพัฒนาขีดความสามารถทางวิชาการที่จะนำไปผดุงภาคเกษตรไทย ไม่เพียงแต่ไม่ให้ล้าหลัง แต่ต้องแข่งขันได้ และมีความยั่งยืน

ในมิติภารกิจทางวิชาการ เพื่อการตอบสนองต่อภูมิทัศน์ทางวิชาการที่เปลี่ยนโดยที่มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์เป็นสถาบันอุดมศึกษาที่ได้รับคัดเลือกโดยคณะกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิของทบวงมหาวิทยาลัย (ชื่อหน่วยงานในขณะนั้น) ให้เป็นสถาบันแกนนำของเครือข่ายอุดมศึกษาเพื่อพัฒนาการบัณฑิตศึกษาและวิจัยสาขาเทคโนโลยีชีวภาพเกษตร และให้นำความสามารถทางวิทยาการและบุคลากรสมรรถนะสูงที่พัฒนาไปบูรณาการกับภาคการผลิตเกษตรและอาหาร จึงเป็นสถานการณ์ที่จำเป็นของมหาวิทยาลัยที่ต้องมีหน่วยงานเฉพาะที่สามารถบริหารงานด้านเทคโนโลยีชีวภาพเกษตรและศาสตร์ที่เกี่ยวข้องให้เกิดความเป็นเลิศ และนำความเชี่ยวชาญไปส่งมอบให้แก่ภาคการผลิต